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「一般的にはこうしている」というものはあっても「普通」というのはありません。
質問順に回答しますが、設備の造りで違うものなどもあり、何をもって「普通」としているのが分かりません。
以下質問順に回答します。
＞　1．水道や電気のメーターは普通大家が見て回るとの事。（メーターは各店舗で直接契約・支払いしているはずなので今迄関与していない。大家が確認するものなのか？浄化槽の法定点検は大家が負担している。）

水道と電気は、設置の方法によって異なります。戸々の水道メーターがあれば、それで水道局が請求してくれます。メーターは何年かで交換しないといけないので、水道局に負担金を支払って取り付けてもらう方がよいかと思います。
電気は、戸々で支払うようになっている造りでメーターがあれば戸々での請求です。

＞2．給湯設備は大家側で取り付け、年間の点検も大家が負担するのが昨今は普通であるとの事。（各店舗が各々導入・古くなれば機器入れ替え等しており、今迄大家は関与していない）

住宅の場合は、オーナーサイドで用意するのが一般的です。テナントの場合は、業種にもよりますがテナントが用意します。これも契約で決める物です。

＞3．賃借人による店舗の造作や大幅改修の際に大家が図面を確認することは普通無い（外壁に穴をあけられ雨漏りし修理が困難、問題が発生してからグリストラップや床の防水が出来ていなかった、等すべて後から知る事になり、わかる範囲だけでも事前に確認したいと思っている）

これは、むしろ先に大家が確認して許可をしてから行われるべきことで、許可なく工事をしたら契約違反ですね。なお、大きな改修の許可には審査料も取ることがあるくらいです。（設計事務所による確認のための費用です。）


＞4．定期借家は普通一年であるという。（初めて聞いた）

上限はないです。更新が無いものなので３年も、５年もあります。


＞5．また、不動産屋によっては定期借家は更新しない前提であると説明する人、合意があれば更新できると説明する人がいる（合意があれば更新できるのでは？）

合意が有っても更新は出来ないです。
更新できるのは普通借家契約です。