5F建てのビルに賃貸併用で居住、1Fテナントからの家賃滞納に困っています。｜専門家に無料相談できる賃貸経営Ｑ＆Ａサイトはお悩み大家さん

大きな損失になる前に借主、連帯保証人への督促及び退去通知の内容証明通知を行って下さい。
契約書を確認し、明渡し条件を確認して下さい。
スケルトンにて明渡しであれば、保証金０の借主は更に費用が掛かりますので
状況はもっと厳しくなります。
今時、１５００万円の居抜きは考えられませんが、オーナーもその気があるなら
次の募集を早急にお勧めします。

借主の家賃延滞による債務不履行ですので、現状では法的手段に移行するのが得策のようです。
（借主は保証金を家賃に充当するよう要求したそうですが、通常は認められないことですので相手のペースに乗らないためにも断るべきでしょう。また賃借権の譲渡（権利の売却）は言語道断ではないでしょうか）
法的手段においては、基本的に借主の契約違反ですのでお客様が負担する項目はないと思いますが、借主の資力は乏しいものと思われますので、実質的には撤去費用をお客様が一旦支払い、その分を回収できるかどうかが問題となりそうです。

賃借人は飲食店とのことですが、法人形態でしょうか。
そうであれば、その法人のオーナーは、個人で連帯保証をしていない限り、
個人で滞納賃料を支払う義務は負いません。
他方、単にオーナーが屋号を付けて飲食店を経営しているならば、
借主はそのオーナー個人ですから、滞納賃料を支払う義務があります。

一般に、賃料を滞納するような賃借人は、他にも多くの債務を負っています。
そうなると、破産等の申立がされるまでは、回収は早い者勝ちです。
また、無資力で滞納賃料は回収できないとなれば、
少しでも早く明渡しを得て損害を最小化しなければなりません。

オーナー様が個人でご対応できる範囲を越えてしまっているように思いますので、
速やかに弁護士へ相談されることをお勧め致します。