テナントの家賃滞納による立退きに関して｜専門家に無料相談できる賃貸経営Ｑ＆Ａサイトはお悩み大家さん

テナントが言っているのは恐らく”造作譲渡”のことでしょう。
造作譲渡とは、現在の借主の地位を建物の内装ごと他の借主に承継（売却）するというものです。造作譲渡が可能かどうか契約書を確認なさってください。
とはいえ、滞納をしてれば契約解除のうえ明け渡しを求めることは可能です。
いずれにしても滞納が解消しないようでは明渡訴訟を提起せざるを得ないと思います。

造作があるから立ち退きできないと言うことのようですが、そもそも滞納しているわけですから、ただの言い訳に過ぎません。
造作があっても差し押さえることができますので、早速伝えてみてください。
差し押さえとは、イコール競売ですから、滞納額の返済に充てられます。

店舗・事務所物件は居住用と違う難しい問題を多く含んでおりますので、最善の注意を持って契約を締結したいものです。契約書の内容も十分に確認しておきましょう。
まず、借主には賃借権がありますがこの賃借権の譲渡について制限をする定めが契約書に無い場合には、いわゆる「店の権利を売る」などと言われるように賃借権を造作と共に譲渡することが出来ます。
次に、物件内に借主が造作（設備・什器備品・その他内装工事）を施している場合の明渡し時の取り扱いについての契約内容を確認しましょう。
物件を引渡すときにスケルトンで引渡し、退去時はスケルトンで明渡してもらう契約になっている場合には、借主の責任と費用負担で全ての造作を撤去しなければなりません。（これが非常に明確でトラブルになりにくい契約パターンです。）
造作が残ったまま明渡す場合は、①建物所有者が造作を買い取る　②建物所有者は造作を買い取らず、借主は造作の所有権を放棄する　③造作付物件のまま次のテナントを募集してもらい、次のテンントが決まったらそのテナンントに造作を買い取ってもらう　などの方法と契約内容が考えられます。
このような現状での明渡しと募集（居抜き）の場合は、その手続きも複雑ですから、店舗専門業者に相談することをお勧めいたします。

保証金を滞納に充当している時点で対応を考えておいたほうがよかったと思います。
店の権利ではなく造作物の譲渡ではないでしょうか？

契約書の内容を確認して入居者の意向をよく聞き早急に対応したほうが良いです。
入居者の動向で今後の対応は変わっていきます。

契約書を確認して即明け渡し訴訟の準備に入られるのがベストです。