ペットによる特別損耗の修繕費用は全額請求可能？｜専門家に無料相談できる賃貸経営Ｑ＆Ａサイトはお悩み大家さん

請求することは可能です。
記載された特約は、契約の当事者同士の合意で勝手に決められる範囲だと考えますので有効であり、その書面を出していなかったのならば単なる原状回復でなく、契約違反によって損害を被ったとして請求してもよいかと思います。

ただ請求しても相手が支払わない場合もありますので、裁判までなったとしても問題ないように正確な請求金額で行う方がよいでしょう。
コンサルタントとして、その様な裁判の支援をいくつも行ってきた経験がありますが、裁判所の判断は大家さんに厳しい傾向があり、一審では大家側の主張をよく見ないで判決、控訴審でやっと見てもらえたというようなケースもあります。

また、お察しのとおりで、損害を受けたとしても経年分を考慮しないといけません。
どのくらい住んでいたかによっても請求内容も変わりますので、国交省のガイドラインをよく読んで計算するか、熟知している専門家に算出してもらうとよいです。（まちの不動産屋さんでは難しいかと・・・・）

それと、書かれていることに加えてペットを飼育していたことによるルームクリーニングやエアコン洗浄も認められると思いますので、それも追加すると良いでしょう。（平成１４年に東京簡易裁判所で出された判決で認めています。）

過失によるものなので全額請求してみて契約者の対応見て今後を検討してみても良いと思います。