ペット不可物件、どうしても飼いたいという要望に家賃を引き上げて合意しましたが｜専門家に無料相談できる賃貸経営Ｑ＆Ａサイトはお悩み大家さん

少々都合の良い入居者のようですね。
ペット飼育を可能にすることによって家賃やその他条件を引き上げる理由は、マーケットで希少性が増すことに加え、家主側に建物の傷むリスクが発生してしまうためです。
既に飼育をしてしまったわけですから、室内はそれなりの状況が予想されます。
条件を元に戻すのでしたら、改めてペット飼育不可になった覚書を締結し、現時点の室内状況の汚損や破損について一旦精算なさることをお勧めいたします。

単純にペットを飼う事を承諾するための対価であれば、値下げするべきでしょうが、飼うことで発生する修繕費を考慮しての値上げであれば、値下げする必要はありません。

契約書の内容によると思いますが、家賃の変更は双方の合意による変更かと思いますのでオーナー様がどうしたいか決めてよいと思います。

家賃を変更した時にペットを飼わなくても家賃変更はないと条項を追加しておきたいところです。