スレート葺の貸し倉庫が雨漏り！借主から賠償請求を依頼されました。｜専門家に無料相談できる賃貸経営Ｑ＆Ａサイトはお悩み大家さん

まず契約書をご覧下さい。
一般的には貸主側が管理を怠っていた場合は当然貸主責任となります（善管注意義務違反）。ただ、通常想定できない範囲で被った損害については貸主はその責めを負わないといった条文があるのではないでしょうか（仮に条文がなかった場合でも主張なさるべきだと思います）。
例えば竜巻やゲリラ豪雨（未曾有の降水量）はその一つではないでしょうか。
また、借主にも善管注意義務はあるわけで、雨漏りは借主にも想定できることです。借主が万が一の場合に備えていたかどうかも争点になるでしょう。
お客様がその責めを完全に免れることは困難だとは思いますが、その負担割合を協議するのは当然であると判断いたします。

入居者が建物を改築などしていない限り、雨漏りは大家さんの責任になりますので、今回の賠償責任も大家さんが負うことになると思います。

事を丸く収めるならば100％貸主負担、そうでないなら調停ないし訴訟で過失割合を争点にすればいくばくかの過失相殺が望めますが、その分を結局は弁護士に食われるでしょうから丸く収めるのが現実的です。

基本的に、雨漏りで借主に損害が発生した場合は、貸主負担です。

今回の入居者はかなり良心的な部類だと思われますが…

損害賠償を請求している部分が「仕入れ原価」のみであれば、貸主様にて負担されるのが一番かと思われます。

ただ、金銭的に余裕がないのであれば、賃料を何ヶ月分無料にするからそれで相殺してくれとお願いするのも手ですが。（基本的に賠償と賃料は相殺しないのが普通ですので、交渉は管理会社へお任せするのが一番です。）