賃貸契約している本人が行方不明で家賃滞納！現在契約者の息子が住んでいます。｜専門家に無料相談できる賃貸経営Ｑ＆Ａサイトはお悩み大家さん

まずは契約者の保証人や勤務先など関係先をあたってみてはいかがでしょうか。
契約者の息子さんも困っているのでしょうから、お互いに歩み寄る姿勢で現実的な妥結点を探るべく話し合いをなさった方が良いと思います。
先方が全く応じないということでしたら致し方ありませんので、契約解除のうえ明渡訴訟を提起せざるを得ないと思います。
福祉のお世話になるという選択肢も考えられますので、行政の窓口を訪ねてみるのも良いかもしれません。

家賃滞納者がますます増加傾向にあり大家様には頭が痛い昨今ですが、今回の契約者（借主）の息子さんも若年層で支払い能力がないのか？成人で就業しているのにも拘らず支払う意思が無いのか？によっても状況は変わると思います。
相手によっては毅然な態度で接した為に『窮鼠猫を嚙む』で、危害を加えられたりする事も考えられます。
まずは、連帯保証人に連絡を取って事情を説明してみたら如何でしょうか？保証人様にも支払い能力や支払い意思が無い（本来保証人として適格な人材を選定して、保証人としての意思確認を取り付けてあればスムーズだと思いますが･･･）場合は、ますは内容証明等を送り先方の出方を待ってみるのも一つの方法だと思います。
どちらにしても、強硬手段で臨み関係を拗らせるより、話し合いでお互い譲歩して折り合いをつける方向が宜しいかと思います。
本来貰うべき家賃ですから『何が何でも全額回収したい！』ところですが、無い袖は振れません。賃貸業について廻るリスクと捉えて歩み寄っていただけたらと思います。

まず契約書の行方不明調査を行います
息子さんは成人でしょうか？
その辺でも対応は変わります。追い出すならということが気になりますが退去の意思が
ある？のであれば退去後契約者に請求して新しい入居者を募集するが良いとは思いますが。
退去の意思の確認が重要です。

後はオーナー様がどのようにしたいかによる問題だと思います。