建ぺい率オーバーが発覚！契約後にキャンセルし手付金が戻ってくる可能性はある？｜専門家に無料相談できる賃貸経営Ｑ＆Ａサイトはお悩み大家さん

今回の悩みは築35年の鉄筋コンクリート、外観以外フルリノベーション済みの物件です。
物件内覧をし、物件の内部の印象が非常によく、契約を致しました。
契約の際は築年数が立っていることから、耐震確認をしましたが、建てた当時の建築会社が潰れてしまっている又当時の図面が無いということもあり、鉄筋コンクリート、壁の分厚さから一級建築士の判断で耐震は十分ですと回答がありました。
今回は追加工事があったため、フラットリノベを選択し、
上記ローンの仮審査も通過したため、契約をし、手付金（100万円）を支払いました。
ただ、本契約に移る前に、フラットリノベを使用するために、耐震確認の、書類が必要になると話があり、建築会社に相談したところ最初はうーんでしたが、最終は渋々耐震確認をしていただける様になり、耐震確認も取れました。
がここからです。
本審査を開始したところ、建ぺい率オーバーが発覚しました。
（建ぺい率オーバーは1%程ですが、、、。）
契約時に建ぺい率のお話もなく、建築会社も初めてそこで知った様な口調でした。
発覚したのは、ローン会社が登記を確認し、発覚しました。
建築会社が前もって建ぺい率を確認していないことはあるのでしょうか？
またフラットリノベは国の公的機関のため、他の銀行ローンでは通るので、他の会社でローンの審査をしましょうと言われたり、今後もし建ぺい率オーバーを指摘され、罰金等の違反に該当しないかと質問したところ、ならないから大丈夫です。
建ぺい率オーバーが発覚した際も登記に登録さえされていなければ、コソッと書き換えも出来るのですがそれもできない状況ですと言われ、非常にモヤモヤしております。
このままこの物件を購入しても良いのか。
もしくは
今回は建ぺい率オーバーを契約時にお話がなかったので、その件が気になるのでキャンセルしたいと伝え、手付金が戻ってくるのかと、非常に気になっている状況です。
建ぺい率オーバーが発覚しても販売してくる建築会社も少し気になる部分ではございます。

このサイトに相談する前に住まいるダイヤルに相談もしましたが、オススメ出来ませんと言われました。

今回の様に、建築会社（リフォーム会社）が建ぺい率を確認せずに、販売している、中古物件で、契約後にキャンセルをし手付金が戻ってくる可能性があるのでしょうか。

長々と申し訳ございませんがご回答お願い致します。

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