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結論から申し上げると、「貸主だから我慢するしかない」とまでは言えません。
原状回復は、通常損耗と借主の故意・過失による破損を分けて考える必要があります。
家具や器具を置いていたことによる軽微な設置跡は通常損耗として貸主負担になりやすいですが、１センチの穴のような明らかな破損は、通常損耗とは別に考える余地があります。
また、「貸主に有利な内容は無効」と一括で処理できるものでもありません。
契約書や重要事項説明書の記載内容、説明の有無、損傷の程度によって判断が変わります。
今回、立会業者が見落としを認めている以上、管理会社には以下のことを文章で示してもらうべきです。
・その傷を通常損耗と判断するのか、借主負担と判断するのか
・その理由
・補修方法
・補修見積額

特にフローリングは、部分補修で直せる傷なのか、全面張替えが必要な傷なのかで扱いが変わります。部分補修で足りる破損であれば、入居年数が長いことだけを理由に当然に請求できないとは言えません。
したがって、まずは感情論ではなく、「部位ごとの負担区分と根拠を文書で出してください」と管理会社に求めるのが適切です。

なお、立会会社はオーナー様が直接依頼したのではなく、管理会社が手配したものであるようですので、管理会社が『下請けが見落としただけで自分たちは関係ない』とするのは相当ではありません。少なくとも、退去立会と原状回復判断の窓口を管理会社が担っていた以上、管理会社において再確認し、部位ごとの負担区分とその根拠を説明すべきだと考えます。